Ingénieur·e Bioinformatique en Génomique Comparative Multi-Omics et Développement de Méthodes pour Caractériser l'Évolution de l'Immunité Innée des Mammifères H/F - CNRS

Description du Poste Les Missions Le projet FUNEVO (FUNctional EVOlution of mammalian innate immunity) vise à élucider l'évolution fonctionnelle de l'immunité innée des mammifères. Financé par une bourse européenne ERC Consolidator de 5 ans, FUNEVO cherche à identifier les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l'immunité. Le projet comporte notamment un focus sur l'immunité antivirale des chauves-souris - un ordre pour lequel l'équipe dispose de données multi-omiques et de nouveaux modèles cellulaires et virologiques. Les chauves-souris constituent en effet un modèle clé : Elles sont porteuses de nombreux virus, souvent sans développer de symptômes, et certains sont à l'origine de zoonoses. Les chauves-souris présentent aussi des adaptations génomiques remarquables aux interfaces virus-hôtes.Afin de comprendre le rôle des duplications/pertes de gènes et des réarrangements de domaines protéiques (recombinaisons) dans la diversification du système immunitaire, notamment face aux virus pathogènes, le projet FUNEVO consiste à :- Intégrer la génomique et la biologie de l'évolution pour caractériser les innovations de l'immunité innée ;- Identifier les réarrangements de domaines et leurs conséquences fonctionnelles ;- Tester expérimentalement les activités cellulaires et antivirales associées.Missions : Concevoir et développer des pipelines bioinformatiques ; Analyser les résultats ; Caractériser l'évolution génomique, transcriptomique et protéique de l'immunité innée chez les mammifères. L'Activité L'ingénieur-e de recherche occupera une place centrale dans le projet FUNEVO, en lien direct avec les axes scientifiques et expérimentaux de l'équipe. Il/elle travaillera en étroite collaboration avec les autres membres du projet, tant bioinformaticien-nes qu'expérimentalistes (virologistes, biologistes cellulaires). L'encadrement sera assuré par Lucie ETIENNE, directrice de recherche et co-responsable de l'équipe LP2L/HIVE, ainsi que Carine REY, experte en bioinformatique et génomique comparative, et responsable de la plateforme bioinformatique et biostatistique BIBS du CIRI.Activités principales :- Développer des méthodes et pipelines bioinformatiques robustes et reproductibles pour identifier et caractériser les innovations multi-échelles (génomiques, génétiques, transcriptomiques et protéiques) de l'immunité innée des mammifères ;- Collaborer avec les membres de l'équipe (bioinformaticien-nes, virologistes, biologistes cellulaires) sur l'analyse comparative et phylogénétique des gènes d'immunité, en se focalisant sur les duplications/pertes de gènes et les réorganisations de domaines protéiques (notamment grace aux méthodes de prédiction de structures protéiques par IA) ;- Apporter un soutien méthodologique aux analyses bioinformatiques de l'équipe ;- Assurer une veille méthodologique active et évaluer les outils et méthodes publiés - Contribuer à la rédaction d'articles scientifiques et la valorisation des travaux de recherche. Votre Profil Compétences Le/la candidat-e devra justifier d'une expérience réussie dans l'analyse de données multi-omiques, l'approche de génomique comparative et le développement ou l'utilisation de pipelines bioinformatiques.Une expérience ou formation en prédiction de structures protéiques, ou analyse de données d'imagerie serait un plus. Une expérience ou formation en immunologie dans l'arbre du vivant est un plus. Une excellente communication en anglais est attendue (écrite et orale). Votre Environnement de Travail Les missions seront réalisées au CIRI (Centre International de Recherche en Infectiologie), qui rassemble à Lyon et Saint-Étienne plus de 400 chercheurs et chercheuses en immunologie, bactériologie et virologie, sous les tutelles principales de l'Université Lyon 1, l'Inserm, le CNRS et l'ENS de Lyon. Son objectif est de mieux comprendre les microbes, le système immunitaire et leurs interactions afin de lutter contre les maladies infectieuses et immunitaires.L'équipe d'accueil est « Host Interactions with Viruses and Evolution » (HIVE/LP2L), située sur le campus de l'ENS de Lyon. Les moyens nécessaires pour réaliser les missions et les activités seront mis à disposition.Liens web :- Équipe de recherche - https://ciri.ens-lyon.fr/teams/lp2l- Plateforme bioinformatique BIBS - https://ciri.ens-lyon.fr/la-recherche-au-ciri/plateformes-et-equipements/bibsRéférences de l'équipe :- Vazquez JM & Lauterbur ME, Mottaghinia S, et al. Insights into longevity and virus-driven adaptation from Myotis bat genomes. Nature. 2026 Aug 26. doi: 10.1038/s41586-026-10932-7.https://www.nature.com/articles/s41586-026-10932-7- Le Corf A, et al. Genomic and functional adaptations in the guanylate-binding protein GBP5 highlight specificities of bat antiviral innate immunity. PLoS Biol. 2026 Apr 21;24(4):e3003760. doi: 10.1371/journal.pbio.3003760. PMID: 42013170. https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3003760- Legrand A, et al. Evolutionary characterization of antiviral SAMD9/9L across kingdoms supports ancient convergence and lineage-specific adaptations. Nat Ecol Evol. 2025 Dec;9(12):2206-2222. doi: 10.1038/s41559-025-02845-x. PMID: 41219459. https://www.nature.com/articles/s41559-025-02845-x- Picard L, et al. DGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes. Nucleic Acids Res. 2020 Oct 9;48(18):e103. doi: 10.1093/nar/gkaa680. PMID: 32941639.https://academic.oup.com/nar/article/48/18/e103/5907962 Rémunération et avantages Rémunération A partir de 3175€ brut mensuel selon expérience Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€ À propos de l'offre Référence de l'offre UMR5308-CARLAZ-015 Secteur d'activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F) Expérience souhaitée 1 à 4 années À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche

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