Thèse Caractérisation et Évaluation de la Surveillance Intégrée des Escherichia Coli Pathogènes pour l'Homme dans une Perspective One Health H/F - Doctorat.Gouv.Fr
- CDD
- Doctorat.Gouv.Fr
Les missions du poste
Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation Laboratoire de recherche : ANSES LABORATOIRE DE LYON Direction de la thèse : Viviane HENAUX ORCID 0000000286303066 Début de la thèse : 2026-09-04 Date limite de candidature : 2026-08-31T23:59:59 Le projet de thèse vise à caractériser et évaluer la surveillance des Escherichia coli pathogènes pour l'Homme en France dans une perspective One Health. Il part du constat que de nombreux dispositifs, sectoriels et éclatés, produisent des données hétérogènes sur E. coli (sécurité sanitaire des aliments, santé humaine, santé animale, environnement), dont la complémentarité et l'intégration sont encore peu exploitées pour la décision publique. La question centrale est : comment la structure des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes pour l'Homme en France conditionne-t-elle leur performance, et quels leviers permettraient d'améliorer leur intégration et leur efficacité ? Le projet se décline en trois volets. Le volet 1 consiste en une caractérisation des dispositifs de surveillance programmée et évènementielle d'E. coli en France, depuis la coordination nationale jusqu'au niveau opérationnel (y compris des données sanitaires produites). Le volet 2 évalue le niveau d'intégration One Health des dispositifs, à partir d'un outil d'évaluation standardisé semi quantitatif (OH-EpiCap) et des entretiens semi-directifs afin d'analyser les collaborations intersectorielles (avec l'approche EcoSur), ainsi que les logiques d'acteurs et les freins à la circulation et au partage des données (par une approche de sociologie des organisations). Le volet 3 vise à évaluer et comparer la performance et l'efficience des plans de surveillance et de contrôle (PSPC) des E. coli productrices de shigatoxines (STEC) le long de la chaîne alimentaire en France. L'évaluation portera sur la sensibilité des dispositifs, leur couverture (par comparaison avec les données RASFF et de retrait-rappel), ainsi que sur les ressources mobilisées et les coûts associés. Le projet s'inscrit dans un partenariat de recherche international (collaborations avec Sciensano en Belgique et le Federal Institute for Risk Assessment (BfR) en Allemagne) et vise à produire des recommandations opérationnelles pour le Ministère français de l'Agriculture et de l'Alimentation et les partenaires européens sur le pilotage de la surveillance des STEC et, plus largement, sur la mise en oeuvre concrète de l'approche One Health. Contexte
Compte tenu des enjeux majeurs pour la santé publique et l'économie liés aux maladies d'origine alimentaire, les Etats membres de l'Union européenne sont tenus de collecter des données pertinentes et, dans la mesure du possible, comparables sur les agents pathogènes, à tous les stades de la chaîne alimentaire (EFSA & ECDC, 2025). En France, la surveillance couvre l'alimentation animale, les productions primaires animales et végétales, la transformation, la distribution et les importations, combinant des systèmes de surveillance programmée coordonnés par l'État (PSPC) et des programmes d'auto contrôle mis en oeuvre par les opérateurs (Cuzzucoli & Brunet, 2024). À ces dispositifs s'ajoutent des systèmes de surveillance évènementielle reposant sur la déclaration obligatoire ou volontaire d'évènements ou de cas suspects le long de la chaîne alimentaire (Amato et al., 2023). Cette multiplicité de systèmes et programmes rend nécessaire la production de données plus facilement exploitables et leur partage entre les secteurs de la santé humaine, de l'alimentation, de la santé animale et de l'environnement, afin de mieux comprendre et gérer l'évolution du danger sanitaire et des risques le long de la chaîne alimentaire (Uchtmann et al., 2015).
Portée par la collaboration quadripartite entre l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), l'Organisation Mondiale de la Santé Animale (OMSA), l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO - Food and Agriculture Organization), et le Programme des Nations unies pour l'environnement (PNUE), l'approche One Health reconnaît le lien étroit et l'interdépendance entre la santé des humains, des animaux, des végétaux et de l'environnement (FAO, PNUE, OMS & OMSA, 2023). En mobilisant un grand nombre de secteurs, de disciplines et de communautés à différents niveaux de la société, elle vise à promouvoir des actions concrètes de recherche et de surveillance sur les émergences, de leur prévention à leur gestion en passant par l'anticipation, et la détection précoce aux niveaux national, régional, et international (Conseil scientifique COVID-19, 2022).
La mise en oeuvre d'une surveillance intégrée (One Health) nécessite de bien comprendre et d'évaluer les relations entre ses différents composants. Ainsi, il apparaît essentiel de caractériser finement les modalités de collaboration entre les différents acteurs et systèmes de surveillance, afin d'en évaluer les faiblesses, de comprendre les freins et verrous aux relations intersectorielles, et d'identifier à la fois les attentes des parties prenantes et les leviers d'action mobilisables pour renforcer l'intégration.
Les Escherichia coli font l'objet de multiples dispositifs de surveillance en France, couvrant des enjeux distincts : sécurité sanitaire des aliments, diagnostic clinique des infections humaines, et hygiène des procédés. Si chacun de ces dispositifs répond à des objectifs sectoriels bien définis, leur articulation reste limitée, tant au niveau national que régional et l'amélioration de leur sensibilité globale et de leur efficience reste un enjeu majeur. Des quantités importantes de données sont produites selon des logiques hétérogènes, dictées par des cadres juridiques et méthodologiques distincts (contrôles réglementaires, autocontrôles volontaires, diagnostics cliniques), sans que leur complémentarité soit systématiquement évaluée, ni que les informations produites par un secteur alimentent de manière structurée les décisions prises dans un autre. Au-delà de ces aspects, la performance de la surveillance est conditionnée par des facteurs structurels (liés notamment aux organisations des filières) et sociologiques qui influencent la fluidité des collaborations intersectorielles.
Problématique : Comment la structure des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes pour l'Homme en France conditionne-t-elle leur performance et quels leviers permettraient d'améliorer leur intégration et leur efficacité ?
Questions de recherche :
- Comment les dispositifs de surveillance existants structurent-ils la production, la circulation et l'utilisation des données sur les E. coli pathogènes pour l'Homme aux niveaux national et régional, entre les différents secteurs sanitaires ?
- Dans quelle mesure les modalités de coordination entre acteurs et les mécanismes de collaboration permettent-ils une surveillance intégrée des STEC à l'interface entre la sécurité sanitaire des aliments et la santé humaine ?
- Quelle est l'efficacité des Plans de surveillance et plan de contrôle (PSPC) des E. coli (STEC) par rapport à leur coût, et quels paramètres influencent le plus la capacité du dispositif à détecter les contaminations dans la chaîne alimentaire ? Volet 1 - Cartographie des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes pour l'Homme en France
Durée : M1-M11
Objectif : Cartographier de manière systémique les dispositifs de surveillance pour E. coli en France depuis le niveau de coordination jusqu'au niveau opérationnel, dans les secteurs humain, vétérinaire et environnemental, en incluant à la fois les souches pathogènes pour l'Homme (notamment STEC) et les souches indicatrices d'hygiène. Cette cartographie (e.g. Collineau et al. 2023) visera à caractériser les différentes sources de données, à identifier des indicateurs intersectoriels et à contribuer à la hiérarchisation des dangers ainsi qu'à l'évaluation du risque au niveau national.
Volet 2 - Évaluation des collaborations et de l'intégration One Health
Durée : M10-M20
Objectif : Évaluer le niveau d'intégration des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes en analysant de manière structurée les forces et limites des collaborations entre dispositifs, les modalités de coordination entre acteurs, les mécanismes de collaboration interinstitutionnelle et les pratiques de partage des données. Cette évaluation combinera une approche épidémiologique semi-quantitative et des analyses sociologiques qualitatives complémentaires centrées sur les logiques d'acteurs, à l'aide de méthodes d'évaluation standardisées (Tegegne et al. 2023, 2024).
Volet 3 - Analyse comparative de la performance et de l'efficience des dispositifs de surveillance
Durée : M16-M30
Objectif : Évaluer et comparer la performance et l'efficience des plans de surveillance et de contrôle (PSPC) STEC en France le long de la chaîne alimentaire. L'évaluation portera sur la sensibilité des dispositifs, leur couverture, ainsi que sur les ressources mobilisées et les coûts associés. Cette évaluation sera réalisée à l'aide d'une approche de modélisation stochastique par arbres de scénarios (Scenario Tree Modelling) (Hénaux & Calavas, 2017).
Compte tenu des enjeux majeurs pour la santé publique et l'économie liés aux maladies d'origine alimentaire, les Etats membres de l'Union européenne sont tenus de collecter des données pertinentes et, dans la mesure du possible, comparables sur les agents pathogènes, à tous les stades de la chaîne alimentaire (EFSA & ECDC, 2025). En France, la surveillance couvre l'alimentation animale, les productions primaires animales et végétales, la transformation, la distribution et les importations, combinant des systèmes de surveillance programmée coordonnés par l'État (PSPC) et des programmes d'auto contrôle mis en oeuvre par les opérateurs (Cuzzucoli & Brunet, 2024). À ces dispositifs s'ajoutent des systèmes de surveillance évènementielle reposant sur la déclaration obligatoire ou volontaire d'évènements ou de cas suspects le long de la chaîne alimentaire (Amato et al., 2023). Cette multiplicité de systèmes et programmes rend nécessaire la production de données plus facilement exploitables et leur partage entre les secteurs de la santé humaine, de l'alimentation, de la santé animale et de l'environnement, afin de mieux comprendre et gérer l'évolution du danger sanitaire et des risques le long de la chaîne alimentaire (Uchtmann et al., 2015).
Portée par la collaboration quadripartite entre l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), l'Organisation Mondiale de la Santé Animale (OMSA), l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO - Food and Agriculture Organization), et le Programme des Nations unies pour l'environnement (PNUE), l'approche One Health reconnaît le lien étroit et l'interdépendance entre la santé des humains, des animaux, des végétaux et de l'environnement (FAO, PNUE, OMS & OMSA, 2023). En mobilisant un grand nombre de secteurs, de disciplines et de communautés à différents niveaux de la société, elle vise à promouvoir des actions concrètes de recherche et de surveillance sur les émergences, de leur prévention à leur gestion en passant par l'anticipation, et la détection précoce aux niveaux national, régional, et international (Conseil scientifique COVID-19, 2022).
La mise en oeuvre d'une surveillance intégrée (One Health) nécessite de bien comprendre et d'évaluer les relations entre ses différents composants. Ainsi, il apparaît essentiel de caractériser finement les modalités de collaboration entre les différents acteurs et systèmes de surveillance, afin d'en évaluer les faiblesses, de comprendre les freins et verrous aux relations intersectorielles, et d'identifier à la fois les attentes des parties prenantes et les leviers d'action mobilisables pour renforcer l'intégration.
Les Escherichia coli font l'objet de multiples dispositifs de surveillance en France, couvrant des enjeux distincts : sécurité sanitaire des aliments, diagnostic clinique des infections humaines, et hygiène des procédés. Si chacun de ces dispositifs répond à des objectifs sectoriels bien définis, leur articulation reste limitée, tant au niveau national que régional et l'amélioration de leur sensibilité globale et de leur efficience reste un enjeu majeur. Des quantités importantes de données sont produites selon des logiques hétérogènes, dictées par des cadres juridiques et méthodologiques distincts (contrôles réglementaires, autocontrôles volontaires, diagnostics cliniques), sans que leur complémentarité soit systématiquement évaluée, ni que les informations produites par un secteur alimentent de manière structurée les décisions prises dans un autre. Au-delà de ces aspects, la performance de la surveillance est conditionnée par des facteurs structurels (liés notamment aux organisations des filières) et sociologiques qui influencent la fluidité des collaborations intersectorielles.
Problématique : Comment la structure des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes pour l'Homme en France conditionne-t-elle leur performance et quels leviers permettraient d'améliorer leur intégration et leur efficacité ?
Questions de recherche :
- Comment les dispositifs de surveillance existants structurent-ils la production, la circulation et l'utilisation des données sur les E. coli pathogènes pour l'Homme aux niveaux national et régional, entre les différents secteurs sanitaires ?
- Dans quelle mesure les modalités de coordination entre acteurs et les mécanismes de collaboration permettent-ils une surveillance intégrée des STEC à l'interface entre la sécurité sanitaire des aliments et la santé humaine ?
- Quelle est l'efficacité des Plans de surveillance et plan de contrôle (PSPC) des E. coli (STEC) par rapport à leur coût, et quels paramètres influencent le plus la capacité du dispositif à détecter les contaminations dans la chaîne alimentaire ? Volet 1 - Cartographie des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes pour l'Homme en France
Durée : M1-M11
Objectif : Cartographier de manière systémique les dispositifs de surveillance pour E. coli en France depuis le niveau de coordination jusqu'au niveau opérationnel, dans les secteurs humain, vétérinaire et environnemental, en incluant à la fois les souches pathogènes pour l'Homme (notamment STEC) et les souches indicatrices d'hygiène. Cette cartographie (e.g. Collineau et al. 2023) visera à caractériser les différentes sources de données, à identifier des indicateurs intersectoriels et à contribuer à la hiérarchisation des dangers ainsi qu'à l'évaluation du risque au niveau national.
Volet 2 - Évaluation des collaborations et de l'intégration One Health
Durée : M10-M20
Objectif : Évaluer le niveau d'intégration des dispositifs de surveillance des E. coli pathogènes en analysant de manière structurée les forces et limites des collaborations entre dispositifs, les modalités de coordination entre acteurs, les mécanismes de collaboration interinstitutionnelle et les pratiques de partage des données. Cette évaluation combinera une approche épidémiologique semi-quantitative et des analyses sociologiques qualitatives complémentaires centrées sur les logiques d'acteurs, à l'aide de méthodes d'évaluation standardisées (Tegegne et al. 2023, 2024).
Volet 3 - Analyse comparative de la performance et de l'efficience des dispositifs de surveillance
Durée : M16-M30
Objectif : Évaluer et comparer la performance et l'efficience des plans de surveillance et de contrôle (PSPC) STEC en France le long de la chaîne alimentaire. L'évaluation portera sur la sensibilité des dispositifs, leur couverture, ainsi que sur les ressources mobilisées et les coûts associés. Cette évaluation sera réalisée à l'aide d'une approche de modélisation stochastique par arbres de scénarios (Scenario Tree Modelling) (Hénaux & Calavas, 2017).
Le profil recherché
Le/la candidat(e), titulaire d'un master 2 ou équivalent, devra maîtriser les principaux concepts de l'épidémiologie, incluant l'analyse de données quantitatives, et les principes des enquêtes sociologiques. Une solide expertise en santé animale sera nécessaire. Le projet de thèse impliquant des échanges avec des interlocuteurs de disciplines très diversiées, une aisance à dialoguer et à exprimer son point de vue dans des réunions sera précieuse. Une bonne capacité de rédaction en anglais sera également un atout pour la valorisation concrète du travail de thèse.
Compétences requises
- Anglais
- Analyse de données
- Normes d'hygiène