Thèse Modélisation Métabolique des Communautés Microbiennes Impliquées dans la Construction de la Typicité des Fromages Aop H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation Laboratoire de recherche : LBBE - LABORATOIRE DE BIOMÉTRIE ET BIOLOGIE EVOLUTIVE Direction de la thèse : Sabine PERES ORCID 0000000244679989 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-07-31T23:59:59 Les microorganismes jouent un rôle essentiel dans la construction des qualités organoleptiques et de la typicité des fromages traditionnels. Toutefois, les mécanismes reliant la dynamique des communautés microbiennes à la production des composés d'intérêt sensoriel restent encore largement méconnus. Dans le cadre du projet CASDAR TYP'OMICS, cette thèse vise à développer des approches de modélisation métabolique permettant de relier la composition des microbiotes fromagers aux fonctions métaboliques impliquées dans l'élaboration de la typicité.Le travail s'appuiera sur des données multi-omiques acquises au cours de la fabrication et de l'affinage de fromages AOP, notamment le Reblochon utilisé comme système modèle. Les données de métagénomique, de métabolomique et de caractérisation physico-chimique seront intégrées afin d'identifier les espèces microbiennes et les voies métaboliques associées à la production de composés aromatiques.Des modèles métaboliques à l'échelle du génome seront reconstruits pour des microorganismes d'intérêt puis assemblés en modèles de communautés microbiennes. Les approches de Flux Balance Analysis (FBA) et de modélisation dynamique permettront d'étudier les interactions microbiennes, les échanges métaboliques et leur contribution aux caractéristiques organoleptiques des produits. Les modèles développés seront confrontés aux données expérimentales afin d'identifier des signatures fonctionnelles associées à la typicité.Les résultats attendus concernent une meilleure compréhension des mécanismes microbiens impliqués dans la construction de la typicité des fromages AOP, ainsi que le développement d'outils d'aide à la sélection et à la valorisation de microorganismes d'intérêt technologique issus de la biodiversité des terroirs. Les fromages au lait cru présentent une richesse microbienne fortement impliquée dans leur typicité et leurs propriétés organoleptiques. Les approches de métagénomique et de métabolomique permettent aujourd'hui de caractériser finement les communautés microbiennes et les métabolites associés. Cependant, les mécanismes reliant la présence de microorganismes spécifiques à la production de composés aromatiques restent encore peu compris. Le projet TYP'OMICS propose de combiner approches multi-omiques et modélisation métabolique afin d'identifier les fonctions microbiennes responsables de la typicité des fromages sous signe de qualité. * Caractériser les fonctions métaboliques des microorganismes impliqués dans la typicité des fromages AOP.* Développer des modèles de communautés microbiennes intégrant les interactions métaboliques.* Produire des outils prédictifs pour la valorisation de la biodiversité microbienne des terroirs. Analyse de données métagénomiques et métabolomiques issues du projet TYP'OMICS.Simulation des flux métaboliques par des méthodes à base de contraintes.Construction de modèles de communautés microbiennes.Intégration de données multi-omiques et validation expérimentale pour l'identification de marqueurs fonctionnels.

Modélisation informatiqueProgrammation (Python)Analyse des voies métaboliquesProgrammation linéaireInteractions du microbiomeMétabolisme cellulaireBiologie cellulaire

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• Chimie