Thèse Effets à Long Terme de l'Hypoxie dans la Grande Prématurité sur la Réactivité Microgliale et la Vulnérabilité Sexe-Dépendante H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : NSCo - Neurosciences et Cognition Laboratoire de recherche : CRNL - CENTRE DE RECHERCHE EN NEUROSCIENCES DE LYON Direction de la thèse : Jean-Francois GHERSI-EGEA ORCID 0000000201814909 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-29T23:59:59 Ce projet de thèse vise à élucider comment la grande prématurité, modélisée par l'hypoxie chronique néonatale chez la souris, affecte l'homéostasie du cerveau à travers des altérations à long terme des fonctions microgliales, notamment lors d'infections à l'âge adulte, et comment ces effets diffèrent selon les sexes.
La combinaison d'approches histologiques et transcriptomiques permettra une analyse conjointe et complémentaire de paramètres essentiels à l'étude des cellules microgliales entre conditions contrôle et hypoxique. Ceci sera permis par une analyse fine de la morphologie des cellules microgliales, via des reconstructions en 3D de cellules, l'analyse d'expression de marqueurs inflammatoires et d'hypoxie, des mesures de densité cellulaire et l'exploitation de données de séquençage ARN de noyaux uniques.
L'un des concepts importants de ce projet réside dans son approche vasculo-centrée qui permettra d'appréhender les effets du manque d'oxygène en fonction de la distance aux vaisseaux sanguins mais aussi la relation entre la microglie et le réseau vasculaire.
Ce projet fera avancer notre compréhension des mécanismes par lesquels une naissance prématurée va accroître la vulnérabilité à long terme aux troubles neurologiques. Ces travaux permettraient tout d'abord d'élaborer des stratégies qui viseraient à réduire ces risques à long terme chez les individus nés prématurément.
Les enfants nés prématurés, soit 13 naissances dans le monde par an, présentent un risque plus élevé de souffrir de lésions cérébrales et de troubles du neurodéveloppement, avec une prévalence accentuée chez les garçons. Une naissance prématurée induit des effets à long terme sur le système nerveux central, rendant les individus prématurés plus susceptibles de développer d'autres pathologies au cours de leur vie. L'hypoxie, due à des poumons immatures et au stade de développement du tronc cérébral, est un facteur clef dans l'apparition de ces lésions. Un modèle de choix pour étudier l'effet de la prématurité sur le cerveau est l'hypoxie chronique néonatale, un modèle murin qui récapitule les signes neuropathologiques des grands prématurés. Ce modèle est bien établi dans l'équipe d'accueil team (Hurre et al., Nat Comm, 2023, Foucault et al., Cell Reports, 2024), et a été utilisé pour générer de solides résultats préliminaires qui sont à la base de ce projet de thèse. Ces résultats mettent en lumière une réactivité d'un sous-type spécifique de microglie, les plus éloignés des vaisseaux sanguins, suite à l'hypoxie. L'analyse de séquençage ARN de noyau unique de ces microglies, issus d'un jeu de données produit par l'équipe, met en avant une signature transcriptionnelle qui persiste et s'amplifie à l'âge adulte. Objectif 1: Analyser les différences entre les sexes dans la réponse des microglies à l'hypoxie. En utilisant des méthodes histologiques et transcriptomiques déjà établies, nous comparerons des souris mâles et femelles à la fin de la période hypoxique et à l'âge adulte. Ceci dans le but d'identifier les ressemblances ou biais sexe dépendant dans la résilience aux lésions cérébrale.
Objectif 2 : Caractériser la sensibilisation à long terme de la microglie face à des agressions secondaires. Pour évaluer si l'hypoxie chronique néonatal induit une réponse mal adaptative, des injections de LPS seront administrées aux souris hypoxiques et contrôles à l'âge adulte pour stimuler le système immunitaire. Des analyses multiparamétriques seront effectuées mettant en liens morphologie microgliale et expression de marqueurs d'inflammation en lien avec la proximité aux vaisseaux sanguins.
Histologie ; immunomarquage, reconstruction 3D de microglie et vaisseaux sanguins, études de marqueurs d'inflammation, mesure de densité cellulaire à grande échelle
Transcriptomique: Séquençage d'ARN de noyaux uniques

Solide base en Neurobiologies cellulaire et intégrées, neuro-immunologie et modèles animaux
Utilisation des R (Biostatistique et analyse de données snRNAseq), Neurolucida et ImageJ
Bonne connaissances des techniques d'histologie (immunofluorescence)
Habilité expérimentation animale rongeur (niveau concepteur ou applicateur)
Aptitude à communiquer ces résultats (réunions, compte rendu etc), rigueur, bonne organisation et curiosité