Doctorant·e Genomique Comparative et Fonctionnelle H/F - 69

Notre équipe étudie les mécanismes et l' origine évolutive de l'élimination programmée de l'ADN, qui a été observé chez diverses espèces d'invertébrés et de vertébrés 1. Ce processus se produit pendant l'embryogenèse et, dans certains cas, conduit à la fragmentation et à l'élimination partielle de tous les chromosomes dans toutes les cellules somatiques à chaque génération. Par conséquent, les animaux possèdent deux génomes : un génome intact dans la lignée germinale et un génome réduit dans le soma.
Notre équipe a identifié l'élimination programmée de l'ADN chez des espèces de nématode génétiquement manipulable, offrant ainsi la possibilité d'étudier enfin ce processus qui est resté mystérieux depuis sa découverte il y a 150 ans, en raison du manque d'espèces modèles 2,3. La personne recrutée utilisera une combinaison d'outils génétiques pour identifier le mécanisme moléculaire responsable de la fragmentation chromosomique chez une espèce. Ensuite, elle explorera l'évolution de ce complexe moléculaire (ou nucléase unique) chez différentes espèces de nématodes afin d'en comprendre l'origine.
En parallèle, la personne recrutée analysera la dynamique des gains et des pertes de la séquence du motif trouvé aux points de cassure des chromosomes à l'aide de notre collection de génomes bien assembles, à différentes échelles évolutives (haplotypes, souches et espèces) via des approches bioinformatiques.

La personne recrutée doit avoir une expérience préalable en bioinformatique et de solides connaissances en matière de travaux expérimentaux (idéalement biologie moléculaire et techniques de cytologie et d'imagerie). Une expérience avec les nématodes serait un atout, mais n'est pas obligatoire.

1. Dedukh, D., and Krasikova, A. (2022). Delete and survive : strategies of programmed genetic material elimination in eukaryotes. Biol Rev Camb Philos Soc 97, 195-216. https://doi.org/10.1111/brv.12796.
2. Rey, C., Launay, C., Wenger, E., and Delattre, M. (2022). Programmed-DNA Elimination in the free-living nematodes Mesorhabditis. bioRxiv, 2022.03.19.484980. https://doi.org/10.1101/2022.03.19.484980.
3. Launay, C., Wenger, E., Letcher, B., and Delattre, M. (2025). Programmed DNA Elimination is widespread in free-living Rhabditidae nematodes. Preprint at bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2025.08.21.671558 https://doi.org/10.1101/2025.08.21.671558.

Contexte de travail
Notre institut (LBMC) est situé sur le site Monod de l'École Normale Supérieure de Lyon (ENS), juste au sud du centre-ville de Lyon (France). L'ENS offre un environnement interdisciplinaire riche, réunissant 30 unités de recherche couvrant des domaines allant de l'archéologie à la physique quantique. Ce projet s'inscrit dans le cadre d'un programme de recherche interdisciplinaire.
La personne retenue rejoindra une équipe collaborative où bioinformaticiens et expérimentateurs travaillent en étroite collaboration, assurant un soutien solide à chaque étape du projet.
De plus, l'institut offre l'accès à des installations de pointe et à un écosystème scientifique dynamique qui soutient à la fois la recherche expérimentale et computationnelle. En particulier :
- Une plateforme d'imagerie de haute qualité
- Un centre de bio-informatique dédié qui garantit un stockage et une gestion fiables des données, ainsi que des capacités d'analyse avancées.